奈叶一个人压制了对方一个队伍之后，敌人退走，但奈叶也打听到，对方似乎并不知道怪物的事情，他们是冲着魔法少女来的。
两件事情碰一块，奈叶也有些头痛，但幸好菲特回来了。
菲特表示，资料很难搞，自己潜入的时候查到了一点，但被发现了，所以只好退走避风头。
但是可以确定的是，那个怪物肯定是什么不得了的东西。
而在这之后，游戏就进入了探索模式。
和第一代不同，二代的探索模式，是直接出现了城市的3d鸟瞰图——在一代里面，还是二维平面图。
不过这个鸟瞰图并不能缩小，缩小的时候是一个穿越样式的过场动画，然后过渡到场景界面，整个画面比起一代来说，要强大很多了。
在二代的故事里面，奈叶和菲特打了个同居小屋……呸，是魔法工房。
在工房之中，玩家可以对奈叶的防护服进行个性化的定制。
这让玖生龙也眼前一亮。
在故事一代的时候，角色虽然都有防护服，但是防护服的定制型不是很高。
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